碇真嗣的母亲名为绫波唯（在旧版里名为碇唯，碇源渡原名六分仪源渡，是入赘之后改姓的。）在他还很小的时候就死了。
以碇真嗣当时的年纪大概已经忘记了，实际上他见过母亲出事的场景，最初的EVA初号机控制系统计划采用的是直接插入S2机关的方式（在新剧场版中，初号机一开始就拥有S2机关，只是NERV轻易无法启动这个核心罢了），这一系统的发明者正是绫波唯，同时也自愿成为第一个实验对象。
结果实验当然是失败了，绫波唯直接消失在初号机体内，最终反而成为了初号机的控制系统，也是使得初号机几乎成为碇真嗣专属机体的根本原因。
这一点在新旧剧场版中差不多，虽然方式不同，不过碇真嗣的母亲都是在初号机的第一次启动中被吸收了。
也是从那时候开始，或许是刻意，或许是真的太忙，碇源渡再也没有真正出现在碇真嗣面前，于是童年时代的碇真嗣就在事实上落入了没有父母照看的境地。
当然基本的安全和教育都是没问题的，毕竟在这个少年的身后永远跟着数量不明的特务人员，保证他顺利成长只是最基本的任务。
碇真嗣清楚自己是被特殊照顾的情况，毕竟那么小一个孩子，独自生活的过程中难免也会遇到一些情况需要帮助。
也正是这种绝不同于其他同龄人的特殊待遇，再加上没有获得过家庭的温暖，最终就导致了碇真嗣如今性格的形成。
听话，懦弱内向，又容易在某些时候走极端。
而这一切尽在碇源渡的掌控。
来到第三新东京市，少年在面对许多事情时候做出的反应完全在碇源渡的预期之内。
这是14年前就写好的剧本，孩子们的命运早就被定好了。
于是按照碇源渡的安排，碇真嗣在开始慢慢融入校园生活的同时，与绫波丽的接触也开始增多。
绫波丽，14岁。
根据马鲁杜克的报告书选出来的第一适格者。
也就是EVANGELION试作零号机的专属操纵者。
过去的经历如同白纸全被消除了。
而真实情况则是，绫波丽是利用莉莉丝的体细胞和绫波唯（也即是碇真嗣母亲）的基因结合制作的克隆体，同时体内蕴含着莉莉丝的一点灵魂碎片，作为莉莉丝的灵魂容器而存在。
大概是技术上的不够成熟，按道理利用莉莉丝细胞制造的EVA零号机应该与绫波丽非常匹配，但是在实际试验过程中零号机却一直处于不太稳定的状态，各种失控事件不知道发生了多少次，驾驶员与EVA最基础的神经元同步率也不算高，这就导致EVA零号机能够发挥的力量和绝对领域强度都比较有限。
在抗击第四使徒的过程中，零号机就受过重创并且导致了绫波丽受伤，之后一直处于重建和维修之中，因此在之后与第五使徒昼天使的战斗中零号机只能作为一个万不得已情况下的预备力量。
然后又经过一段时间的处理，零号机与绫波丽终于休整得差不多了，于是启动试验再次展开，只是整个过程依旧充满了危险性，那个一身黄色涂装金属装甲的独眼EVA时不时就会失控，甚至经常拒绝绫波丽的精神链接，又或者试图将绫波丽的驾驶席拉入危险深度。
在这不断调试的过程中，碇源渡表现出了超乎寻常的关心。
从来不与碇真嗣多说半句话的冷酷中年男却能与同样不善交际的绫波丽微笑对话，在发生危险的时候也经常第一个冲上前去参与救援。
也不知道是故意如此，还是绫波丽与凌波唯近似的样貌使得碇源渡在某些时候放下了平日的阴沉冷酷。
而这一切都被每天都要来到基地进行各种测试和学习的碇真嗣看在眼里。
一个从小不被父亲重视的孩子，在看到父亲转而去关心其他同龄人的时候，可想而知心里会是什么样的感受。
还好，碇真嗣本质上还是一个心思不坏的孩子，并没有因此生出什么怨怼心态，反而更多还是一种好奇：“为什么父亲对绫波似乎特别关心？”
隐约的吸引（或许是因为与母亲相似的样貌，即便真嗣已经记不清楚），少女本身的沉默寡言和满身神秘，以及父亲的特别对待，这一切都使得碇真嗣对于绫波丽的印象越发复杂。
再加上有意的引导和制造机会，比如让碇真嗣去送一张更新过信息的通行卡（特务人员那么多，非要让不认识路的真嗣找上门去），两个同为EVA驾驶员的少年少女总算是能够说上一点话了。
只是这一开始的交流并算顺畅，即便有过意外之下的肢体接触（当年的经典），但是身为三无少女鼻祖的绫波丽对于大多数世事基本可以说是毫无反应，直到碇真嗣质疑自己父亲之时，清冷平淡的少女才突然一个巴掌甩在了碇真嗣的脸上。
尽管并不顺利，但是绫波女神的魅力就是如此矛盾又不可阻挡，苍白萧索的居住环境中，清冷少女的神秘吸引着少年不由之主的倾注更多关注。
……
一个月时间匆匆而过。
与之前那基本无所事事的一个月不同，在从昼天使身上得到使徒组织之后，莫歌又进入了熟悉的忙碌状态，先是提取生物特性融入自身，之后又不断研究绝对领域的应用，务必要做到随心而发，并且发挥出自身能够达到的极限威力。
就比如现在，就在本应一片死寂黑暗的血海深处，一个荡漾着橙紫色泽变幻不定的空泡撑开了深海的压力，在这个核弹爆炸也只能形成短暂空洞的地方形成了一个近乎两百米直径的球形空间。
而在这个空间之中，莫歌的身影挺直凭空而立，一双巨翼收缩在背后，而四肢则下意识奋力伸展着，似乎承受着万钧重担。
这是莫歌正在试验着绝对领域的抗压极限，同时也是考验着自身能够坚持多少时间。
毕竟用细胞渗透压克服海水压力，和在深海中凭空撑开一个海水不能侵入的空间，这两者的难度是完全不可相提并论的。
而这，还只是莫歌做过的多种试验之一而已。
不过似乎也该是停下来的时候了。
因为使徒出现了。