“叮！开启路过任务：请主人路过《假面骑士bde》世界：奖励：bde世界所有骑士表盘、剑世界所有骑士变身套装、女仆广濑栞、山中望美、栗原天音（剧场版）、吉永美雪！”
“叮！开启传送……”
“叮！传送完毕！！”
一万年前，代表人类的undead封印了52张不死生物（undead）后获得了胜利，人类从此在地球上繁衍生息。在21世纪，这些封印被破解，使这些undead再次苏醒。为了阻止它们在人类的世界进行杀戮，并把他们再次封印，board（人类基盘史研究所）的所长乌丸开发了变身腰带。而橘朔也和剑崎一真被雇用成为假面骑士garren和假面骑士bde，并展开他们的英雄之战。
故事中的初期橘虽然有协助对抗不死生物，但他亦对剑等人采对抗态度。第三个假面骑士chalice相川始这个亦正亦邪的角色令故事更增添丰富。最后出现的假面骑士是由睦月变身的假面骑士leangle：一开始被梅花a控制，后得剑和橘等人以及贯彻自我的两位undead的帮助恢复意志，成为正义的战士。
在海岸线上，一个蓝衣的骑士骑著机车驰骋著。同时在洞窟中，一位红衣骑士正和蝙蝠身形的怪物在战斗。这两位是人类基盤史研究所为了封印不死的怪物不死者，派出来保护人类的战士，红色的假面骑士金币与蓝色的假面骑士剑。现在，那股力量将完全解放…
白洛辰待在空间里说道：“开始了吗？”
在board被毁後，一真为了自己又再被背叛而陷入了低潮，而虎太郎才刚安慰完他的那时，不死生物出现了！但一真却踌躇著该不该出击，这也惹的栞对他的一顿斥责。虽然，一真还是出击了，但是不死生物到底是什麼，假面骑士又到底是为何而战的？能解开一真心中问号的乌丸所长又到底被带到哪里去了？
好不容易找到乌丸所长了，一真、虎太郎和栞尽了所有的努力想要和所长取得接触，最後终於找出了密码：「doublejoker」。这到底是什麼意思呢是指扑克牌中的黑白两张鬼牌吗还是又有什麼含意呢而无法挥去脑中毁灭影像的朔也，来到了小夜子的诊所。虽然小夜子替他作的检测是一切正常，朔也为什麼会一再浮现那个影像呢？「doublejoker」、毁灭的影像、第三位假面骑士，这一切的真到底是什麼？
在战斗之後,一真愤怒的质问朔也,问他为什麼要绑走乌丸所长袭击board还有是不是他解开不死生物封印的但朔也不但回达说解开封印的是「乌丸他们」，更警告一真要是再战斗下去，一真的身体迟早也会变的和他一样。朔也的回答，让一真陷入了更深的错误之中…
乌丸所长就这样子在火焰中消失了，栞也因此难过的不知该如何是好，但这时回来研究所的朔也则看穿了一切都只是障眼法而已。但是，到底是谁弄出了这样子的障眼法而把乌丸所长带走的是什麼，又是为了什麼目的呢
在圣杯的努力之下，天音总算是获救了。不过，这也让一真笃定了始就是那位神秘的假面骑士。就在一真向始质问时，始的回答却正好表达了许多人的现在的心声，「谁都有不想让人碰触的隐私…」。不过，始到底在「过去」看到了什麼而始「他本身」又是什麼呢
攻击朔也的人、讽刺始的人、命令神秘人追捕乌丸所长与俘虏一真的人，原来都是………伊坂，一个不知道能不能算「人类」「人」。知道1万年前的事的他，似乎想要创造出一个有别於剑、圣杯与金币的新骑士。他(它)的目的到底是什麼
在逃出了伊坂的基地之後，乌丸所长对众人说出了人类基盤史的事，也就是1万年前的生存淘汰战。同时，乌丸所长也说了，一定有著能够化成人类外貌，并能够使用人类语言的上级不死生物。这段话，让一真直觉的想到了始，而乌丸所长也认为伊坂也是。可是，既然伊坂是不死生物，那他为什麼会想创出能封印自己的新骑士呢？
在斑马不死生物的攻击下，朔也在小夜子面前变身为假面骑士金币。但无法摆脱恐惧的他，依然越战越畏缩并再次的落败。尽管小夜子表示愿意陪朔也离开这里，一同过新的生活，但是朔也却仍选走择战斗的路。而企图制作新骑士系统的伊坂，则在这时找上了朔也…
在决心一死的战斗中，朔也战败了。但，伊坂不但没杀了他，还就这麼的把他给带走了。而朔也在恢复意识後，却听到了伊坂告诉他说，他已经痊愈了，已经又可以再战了。到底，伊坂对朔也做了什麼朔也真的克服恐惧心了吗
在伊坂的治疗下，朔也的攻击不再有犹豫，更不再有恐惧，尽管他攻击的人是剑崎…至於离开蓝花楹餐厅的始，在开始接处仁的生活後，见到了人类的另外一面。始、朔也，他们想要的到底是什麼力量人性还是…………归腐
与任一同生活的始，开始对自己的离开感到疑惑，不过他依然认为自己还是无法回到天音与遥香的身边。看著优对自己叙述他对仁的关心，始认为自己依然无法理解人类，但他却也觉得现在是该自己要离开的时候了…
小夜子在努力的调查後，知道了朔也恢复斗志的真相，也因而知道了他现在到底处在多危险的处境。为了帮助朔也，一真更下定决心要先封印那只类别ace的不死生物。而就在追查不死者掳人的案途中，一真遇到了始，始这时则说蜘蛛不死生物会放出小蜘蛛去找类别ace的适合者。到底，类别ace的适合者会是怎样的人呢……
在被朔也打倒之後，倒在溪畔的始让赶来的一真救了起来。一个是孤独永远战斗的不死生物，一个是为了保护人类免於不死者伤害的人类骑士，就在这样的情况下，他们开始有了真正接触的机会。纵然对於始，栞保持不信任的态度，虎太郎则是极度的敌视，但一真却开始积极的想走进始的世界。始的孤独、一真的热切这两人的关系开始加速了…