而在南方，则实行的是种植园黑人奴隶制度。南方奴隶制度是生长在美国社会的赘瘤，它严重窒息了北方工商业的发展，南北矛盾和斗争自19世纪初起日趋激烈。斗争主要围绕西部土地展开。北方要求在西部地区发展资本主义，限制甚至禁止奴隶制度的扩大；南方则力图在西部甚至全国扩展奴隶制度。双方矛盾到19世纪50年代在局部地区已酿成武装冲突。在奴隶主的进逼面前，北方人民发起了声势浩大的“废奴运动”，南方黑奴也不断展开暴动。在人民斗争的推动下，北方资产阶级开始主张废除奴隶制度。
1854年在北方成立了共和党。同年，南方奴隶主企图用武力把奴隶制扩张到堪萨斯，于是在堪萨斯爆发了西部农民与来自自由州的移民，共同反对南方奴隶主的武装斗争。堪萨斯内战一直持续到1859年。
1857年奴隶主又利用斯科特判决案企图把奴隶制扩展到美国全部领土上去，导致约翰·布朗起义。
1860年11月6日，林肯当选总统引发了长期积累起来的政治危机。12月20日，南卡罗来纳州通过法令，宣称“以美利坚合众国的名义存在于南卡和其他州之间的联盟”就此解散。6周内，6个其他南方州退出联邦，并开始夺取位于各州界内的联邦资产，包括萨姆特堡（Fo
tSumte
）、皮肯斯堡（Fo
tPicke
s）等军事设施。1861年2月18日，南方各州成立美利坚联盟国，3月6日，联邦行政长官杰斐逊·戴维斯征召10万人的志愿军。戴维斯的行动破坏了常备陆军，1080名现役军官中，有286人辞职或被解职后进入南军，西点毕业生也发生了分裂，现役的824人有184人背叛了美国加入了南军，已经退役的900人有114人加入联邦军，99人加入南军
1861年3月4日，戴维斯向华盛顿派出特派团，以加快接收皮肯斯堡和萨姆特堡，在得到这些堡垒不会在未经通知情况下得到加强的保证后，南方使团回到里士满等待驻军撤退。3月29日，总统在经过慎重考虑后，决定仅向萨姆特堡提供补给，随后通过海上派出一支远征军。4月8日，总统将他的决定通知南卡州长，随后，当地的南军指挥官博雷加德准将采取了军事行动，11日，萨姆特堡守军指挥官罗伯特·安德森少将拒绝了正式投降的要求。12日早4：30，南军炮兵开始了为时34小时的炮击，安德森率领他的90人组成的守军进行了还击，在得到荣誉条款后，4月14日，安德森交出了堡垒，率部离开撤退到纽约[6]。
4月15日，总统亲自书写并发表声明，宣布南方7州发生了违反美国法律的叛乱。19日，下令封锁南卡到德克萨斯州的海岸线，征调北方各州的民兵75000人。总统令使仍留在联邦的8个蓄奴州被激怒，迫使弗吉尼亚、北卡、田纳西和阿肯色州加入了南方，密苏里、肯塔基、马里兰和特拉华州仍未作出决定
战争初期北方实力大大超过南方，北方23个州有2234万人口，南方7个
州只有910万。北方有发达的工业，年产值15亿美元，130万工人，22000英里的铁路网和丰富的粮食，而南方工业薄弱，年产值1550万美元，工人仅11万，铁路也只有9000英里。
但南方有充分的军事准备。得益于不久前结束的美墨战争，南方军队素质较高，指挥官经验丰富，并得到了英法等国的援助。而且，内战前夕J．布坎南总统（奴隶主的代理人）曾设法把大量武器和金钱输送到南方去。南方想通过速战速决打败北方。
1861年4月至1862年9月是“有限战争”阶段。双方都集中兵力于东战场为争夺对方首都而展开激战。南方军队统帅是杰出军事家罗伯特·李，他根据双方力量悬殊的状况，制定了以攻为守的战略，集中兵力寻歼北军主力，迫使北方签订城下之盟。而北方对战争准备不足，又采取了所谓的“大蛇计划”，把兵力分散在8000英里长的战线上，加上同情奴隶主的指挥官麦克莱兰采取消极战术，使北军连连受挫。
林肯**在内战初期进行战争的目的是恢复南北的统一，担心触动奴隶制度会把一些边境奴隶州推向南方叛乱者一方，从而失掉边境诸州这个重要的战略地区。由于北方**不肯宣布解放奴隶。因此，在内战第一阶段，北方在军事上连遭失败
1861年7月东战场举行马那萨斯会战。7月21日，北方发起向南方首都里士满进军的攻势，3.5万北方军队排着整齐队形，在军乐声中向里士满进军。由于北方事先大张声势，认为南军不堪一击，加上这一天是星期六，于是许多华盛顿市民、国会议员、记者等身着盛装，携妻带子，提着装有野餐的篮子，有的坐马车，有的随军队步行，像过节一样，前来战地观光，看热闹。
南方军队2.2万在铁路枢纽马那萨斯列阵相迎。北方军队在观众的欢呼声中向南军发起攻击，猛烈的炮火把南军阵地笼罩在烟雾中。北军继而跨过布尔河向对岸发起冲击。谁想南军指挥官是名将托马斯·杰克逊，他沉着指挥，击退了北军五次冲锋，因此获得“石墙”的美称。战斗十分激烈，由于双方军服几乎相同，一时敌我难辨，战场一片混乱。不久，南军9000援军赶到，发起反攻。缺乏训练的北军一触即溃，丢下大批枪支弹药逃回华盛顿。这一仗，北军损兵折将3000，南军损失不到2000。
半岛战役
进入1862年，战况更为激烈。林肯2月22日下令50万大军发起总攻击。北军在西线节节胜利，几乎打通了南北大动脉密西西比河。海军也攻克了南方最大港口新奥尔良。但在东战场，北军又连遭惨败。北军司令麦克莱兰拥有重兵10万，却几个月按兵不动，因为他把敌人的5万人马当成了15万。后在林肯催促下，才发动“半岛战役”，企图攻占里士满。
罗伯特·李急率南军迎击。6月25日至7月1日，李的9万军队同北军10万人展开“七日会战”，李以机动寻找战机，调动北军，然后寻找北军薄弱环节发起进攻，把北军逐出了里士满附近的半岛，使北军损失1.65万人，南军也损失2万人，但在战略上却取得了保卫首都的胜利。
李乘胜北上，8月底，与北军进行第二次马那萨斯会战。南军有5.4万人，北军8万人。李高超的指挥艺术发挥得淋漓尽致。他以小部队把北军主力吸引到阵地上，主力机动，从侧翼和后方发起进攻，然后正面、侧面夹击，一举击溃了北军。北军伤亡1.4万，被俘7000人。南军兵临华盛顿城下。北军9月在安提塔姆会战中才顶住了李军攻势。
在海战方面，虽然北方海军占压倒优势，但南方的装甲战舰也给北方带来很**烦。
北军虽然在西线取得一系列辉煌战果，从南军手中夺取了几个重要战略据点，但是这些战果都被东线的惨败所抵消。在北方军事上屡次失败的情况下，共和党内部的激进派及社会上的废权主义者提出解放奴隶和武装黑人的主张。林肯也意识到解放奴隶的必要性。
1862年，北军发动进攻，西线由格兰特指挥，进展顺利，2月攻克亨利堡和多纳尔森堡，1862年4月在夏洛战役中击败南军，1862年5月攻克科林斯和孟菲斯，解放了肯塔基和田那西。东线北军则进展迟缓，1862年7月被罗伯特·李指挥的南军击溃，李乘胜北进，1862年8月在布尔河再次击败北军，兵临华盛顿，1862年9月两军进行安提塔姆会战，李被击退。12月北军在弗雷德里斯克堡战役中再次被李击败。
1862年9月22日，林肯发表预备性的解放宣言。宣布：假如在1863年1月1日以前南方叛乱者不放下武器，叛乱诸州的奴隶将从那一天起获得自由。消息传到南方后，成千上万的奴隶逃往北方。英国工人阶级也展开了支持北方的运动，迫使英国**放弃了原来的干涉计划。
1862年5月颁布的《宅地法》规定：一切忠于联邦的
成年人，只要交付10美元的登记费，就可以在西部领取64.74公顷土地，在土地上耕种5年后就可以成为这块土地的所有者。林肯**严厉镇压反革命分子，清洗军队中南方代理人。
1863年开始实行征兵法，以代替募兵制，增强了北方的兵力。同时，林肯调整了军事领导机构，实行统一指挥，任命有卓越军事才能的格兰特为全军统帅。
1863年元旦林肯颁布《解放宣言》宣布解放黑奴，允许黑人参加北方军队，之后又颁布“宅地法”，允许所有美国人得到西部的土地。同年5月，北军再次进攻里士满，在切斯罗维尔被李击退。5月22日北军发动总攻，进行了长达47天的炮击，6月李再次北进。
1863年7月1日两军在葛底斯堡展开决战，7月3日南军被击败。南军损失2.8万人，成为内战的转折点，战场上的主动权转到北方军队手中。在李北进的同时，格兰特在西线包围了南军防守密西西比河的要塞维克斯堡，7月4日南军投降。7月8日北军占领哈得逊港，南军被分割成东西两部分。9月北军攻克查塔努加，11月击退南军的反击。
1864年，北方最高统帅采用新的战略方针，在东、西两线同时展开强大攻势
。在东线以消耗敌人力量为主要目标；在西线用强大兵力深入敌方腹地，切断“南部同盟”的东北部与西南部的联系。
1864年9月，谢尔曼将军麾下的北军一举攻下亚特兰大，两个月后开始著名的“向海洋进军”，在进军中彻底摧毁了敌人的各种军事设施，沉重地打击了敌人的经济力量，使南方经济陷于瘫痪。在东线，格兰特将军统率北军把敌军驱逼到叛乱“首都”里士满附近。
1865年初，奴隶纷纷逃亡，种植场经济濒于瓦解。北方海军实行的海上封锁，几乎断绝了南方与欧洲的贸易。同时，南方内部也出现反对派，许多小农加入“联邦派”从事反战活动。南方逃兵与日俱增。粮食及日用品缺乏。